距离第一部很多年后，次界由大和王子的后人大和管理，当中有一座时间塔，由天使昂斯和守护天使麦高看守，恶魔麦昆认为时间塔有宝物而偷跑进去，昂斯和麦高在追捕麦昆其间碰上被封在这里的史巴谢斯(又名超级宙斯)，并在时间壶中看到未来次界被洪水淹没，结果昂斯、麦高和麦昆，以及从时间壶走出来的宝芝，一起展开寻找十二颗圣宝石拯救次界的旅程。只是… 因为通信问题，大和只知道麦高等人偷看时间壶，而不知道次界会被洪水淹没，结果派出了手下五侍女出动追捕，另一方面，复活了的恶魔首领史巴地比(超级恶魔)也在全力阻止他们拯救次界… 凤凰武士开始被香港改译成超圣凤凰，并在外传故事出场。
