《星界之战旗》叙述在两人回到帝国首都史克拉法尔并各自接受军校训练毕业后再次并肩作战，乘坐星界军突击舰“巴斯洛伊尔”进行作战行动。
在遥远的未来，人类在整个银河系打开了翅膀！在银河系中建立了五个星间国家。但其中有一种族根据宇宙环境而改变遗传因子，使他们的身体最合适在宇宙生活。他们叫做“亚布”及其建立的星间国家“亚布人类帝国”在宇宙中出现了。
可是现在、其他的国家以“人类统合体”为中心联合了其他国家想挽回劣势并开始计划。地上世界同时也被“亚布人类帝国”星各界军队侵略。而3年的修技馆生活结束，主计列翼翔士，地上世界出身的“亚布”贵族津特，以书记身分被分配到突击舰巴斯罗伊鲁号。那个突击舰巴斯罗伊鲁号的舰长正是十翔长拉菲尔，与她再次相见！
三年前，津特、拉菲尔他们一同战斗！另外，修技馆时代，认识了不爱说话的亚布少女艾克琉亚、亚布人索芭修、少数地上界出身的萨姆森，再次在突击舰巴斯罗伊鲁号见面！在出击命令下，他们前往战场“亚布迪克”，而敌军是“人类统合体”，“亚布迪克”守备舰队以相差12对150的战斗力下迎击“人类统合体”的进攻！
