星球燃烧着，将一切化为灰烬的火焰便走大地，将星球上所有高度文明付之一炬。数年后，大地依旧荒芜，被污染的水，令生命大量消逝。此时，独裁主桑格建立起了名为lastland的城塞都市，独占着安全的水源，并在此基础上推行了奴隶制，强迫城中百姓成为他的奴隶。为了推翻这样不合理的支配，托比和自由村的村民奋起反抗，却遭到桑格手下军队的镇压。此时，一位不知名的男子出现，他正是传说之拳北斗神拳的继承者健次郎。为了给负伤的托比疗伤，健次郎来到了自由村。在那里，他遇见了使用北斗流点穴法治病的女医生萨拉。桑格的军队袭击了村子，并抓走了萨拉。眼看着幼小的生命遭到屠杀，怒不可遏的健次郎与托比一起杀向lastland。然而，他们却在那儿见到了对“神”深信不疑的人们。而所谓的神，却是引发奇迹的萨拉，以及能从拳中引出水的神秘之神多哈——托比的弟弟彼斯塔。桑格正是靠着被称为神的他们，动摇了民众的心灵，将绝对的支配捏在手中。健次郎的怒火终于彻底爆发，他发誓要将二人救出，将人们从名为神的咒缚中解放出来！
