在爆丸第二季中，主人公空操弹马、丸藏兆治等熟悉的角色均悉数登场。新作讲述的是为了为爆丸们居住的星球夺回自由与和平，主人公与其它爆丸合力，解放被捉的爆丸，再集结成新的团队一起战斗的故事。
在经历过一段与邪恶对手的对战之后,爆丸世界终于恢复了应有和平,而各属性的爆丸也相继回到原有的地方安心的 生活。本应值得高兴,但就在有一天,一个意外的时空链接,引出一个邪恶组织,除对爆丸世界进行侵犯外,并试图 建立其邪恶世界。虽说后来有正义之士与其组织对抗,但仍旧无法改变情况。因此有感于整个世界的混乱,掌管爆丸 世界的使者,便决定向曾经救援爆丸世界的爆丸战士发出求救讯息……
而在现实世界,爆丸战士接到所传递的讯息 后,亦然决定出发拯救,期望能够再次恢复和平……
