元素消失！未来委托给了我们！2029年，在地中海沿岸发生了大规模的陆地下陷现象。直径达3千米的氧元素突然从地壳中消失了。从那以后，地球上各种元素陆陆续续都消失了。
元素的消失，导致森林田地、建筑物和古代遗迹，甚至连生命也消逝了。人类深怀痛感。“万物因元素存在”。
从那一天过了60年，人口比起最盛期已经减少到了十分之一。拼命调查研究的结果判明了消失的元素的去向。原来元素流入了次元之壁另一端的另一个地球“负地球”中。赌上地球的存亡，建立了名为“元素猎人”的组织。成员全部是13岁以下的孩子。能够联系上内加亚斯的，仅限于脑组织比大人柔软的小孩……
